No início da década de 1980, a então FATMA realizou um extenso levantamento das principais fontes poluidoras do estado e concluiu que a poluição hídrica era o ponto mais grave a ser combatido. Para reverter o quadro, buscou as experiências seculares e vitoriosas da França e Alemanha na área, trazendo para Santa Catarina o conceito de gestão por bacias hidrográficas. Assim, a partir de 1987, começou a implantar Programas de Proteção e Recuperação Ambiental por Bacia Hidrográfica nas regiões mais industrializadas e, portanto, mais afetadas pela poluição.

Tudo começou pela seleção das maiores empresas destas regiões, responsáveis por 80% da poluição jogada nos rios sem qualquer tratamento. Em audiências públicas, o órgão ambiental convocou as empresas a construir estações de tratamento de efluentes e outros equipamentos redutores da poluição, como filtros para gases e fuligem das chaminés, a serem concluídos e colocados em operação dentro de cronogramas específicos.

Entre 1987 e 1995, foram lançados 5 (cinco) Programas de Proteção e Recuperação Ambiental envolvendo as Bacias Hidrográficas:

Bacia do Rio do Peixe

Baía da Babitonga

Bacia do Rio Itajaí-Açú

Bacia do Rio Itapocu

Bacia do Rio Tubarão e Complexo Lagunar

Em média, eles atingiram ou estão perto da média de redução de pelo menos 80% da carga poluidora lançada nos rios sem tratamento. Neste período, as cerca de 200 empresas que participam dos Programas investiram mais de US$ 200 milhões para implantar sistemas e equipamentos de controle da poluição, dentro deste que é o mais moderno conceito de gestão ambiental - ao mesmo tempo global, integrado, regionalizado e participativo.